در جریان متقاطع جریان سیال از سطح غشاء و موادی با سطح عبور می کند. در این جریان یک ورودی
و دو جریان خروجی یک جریان محصول تصفیه شده و دیگری جریان تغلیظ شده یا پساب وجود دارد .
اهمیت جریان متقاطع در آن است در شرایط بهره برداری مداوم و پیوسته جریان عبوری از غشاء حالت ثابت و یکنواختی پیدا می کند در حالی که جریان بن بستی مقدار جریان کاهش پیدا می کند.ایجاد جریان متقاطع نیازمند صرف انرژی قابل توجه جهت عبور جریان از عرض غشاء می باشد ولی در مقایسه با جریان بن بستی که در آن نیز عبور جریان از لایه لجن مانند بوجود آمده مستلزم صرف انرژی فراوان می باشد تفاوت چندانی مشاهده نمی گردد.