مدفوع حیوانات - بقایای گیاهان  - فاضلاب شهری و صنعتی دارای نیتروژن به صورت ترکیبات آلی می باشند.
این ترکیبات آلی نیتروژن دار در اثر فعالیت میکروارگانیزم های خاک به یون آمونیم مثبت تبدیل می شود .
 به این پدیده Ammonification  گفته می شود.
این یون به مرور طی پدیده دیگری به نام Nitrification  ابتدا به نیتریت و سپس به نیترات تبدیل می شود.
به مجموع این فرایند ها چرخه نیتروژن nitrogen cycle  می گویند